Les clés USB doivent nécessairement être formatées avec le système de fichiers FAT (FAT16 ou FAT32) pour pouvoir être utilisées par les principaux systèmes d'exploitation.
Sous Windows

Or, pour une clé USB de capacité supérieure à 32Mo, Windows XP propose par défaut le système de fichiers FAT32.

Ainsi, pour formatter une clé USB, procéder comme suit :

Ouvrir le Panneau de Configuration,
Choisir Outils d'administration, puis aller sur Gestion de l'ordinateur,
Sélectionner Gestion des disques,
Cliquer avec le bouton droit sur le lecteur correspondant à la clé USB et choisir "Formater en FAT". Si la clé possède une capacité de plus de 2 Go, choisir FAT32.

L'utilitaire suivant peut vous aider à formater votre clé USB :

HP USB Disk Storage Format Tool
Sous Linux
GParted permet de partitionner en FAT32 et de formatter sans problème. Il est disponible dans la plupart des distributions.
Vous pouvez même utiliser un LiveCD Linux comme PartedMagic.