Pour cacher un fichier ou un répertoire sous Linux, il suffit de faire précéder son nom d'un point (.).

Par exemple :
.bash_history
.bash_profile
.ssh
Notez qu'en faisant celà vous ne cachez pas réellement les fichiers car en utilisant l'option "-a" de la commande ls ou bien en selectionnant "Afficher les fichiers cachés" dans l'onglet affichage de l'explorateur de Gnome et de KDE, on peut voir ces fichiers.
Mais ainsi au moins vous gênez leur affichage :-)