Je répond à ce vieux post parce qu'il est bien placé dans google et que les réponses sont assez légères...

bref, il suffit de taper dans vim:
:set fileformat=unix

et le fichier est converti avec les fins de lignes de unix.
inversement:
:set fileformat=dos
permettra aux utilisateurs de windows de lire votre fichier de manière agréable. Cette commande fixe le format du fichier, il n'est donc pas nécessaire de le refaire à chaque ouverture.

La commande unix
file mon_fichier.txt
permet de connaître le type de mon_fichier.txt (où de n'importe quel fichier avec un contenu mime valide)

Et effectivement, avec le paquet tofrodos installé, vous avez les commandes:
fromdos mon_fichier.txt
todos mon_fichier.txt
dont le nom est assez explicite.

Dans la même catégorie dans vim:
:set fileencoding=utf-8
converti le fichier iso-machin ou latinX en utf8

inversement:
:set fileencoding=iso-8859-15
converti le fichier pour être lisible sous win98 ou pour votre site web obsolète ]:->

En ligne de commande, "iconv" fera des merveilles. Pour plus de précision:
man iconv