Alors je pense que le plus simple est pour toi de créer un cookie utilisateur enregistrant le choix par défaut et dans tes checkbox tu teste le cookie un peu dans ce genre :

<?= ($ck_default == "ch"?"CHECKED":"") ?>

Ici, $ck_default est la variable en cookie et ce fragment de code se placerait dans la balise <input> pour la suisse à la place de "CHECKED".

Je ne vais pas tout te détailler mais voici l'idée.

Par contre, si tu veux que la valeur par défaut change pour TOUS les utilisateurs, il te faut stocker la variable sur le serveur et non en cookie (fichier ou bdd).