Pour être simple, le système ntfs est plus rapide, plus puissant que le système de fichier fat32.
Les gros disques durs sont mieux gérés par les systèmes de fichiers ntfs, c'est une des nombreuses raison qui explique son succés.
Certaines fonctions ne sont accessibles que grace à ce système de fichier.

Par contre, on ne peut pas installer linux et les versions antérieures à windows 2000. Donc si tu contes installer linux un jour sur ton système, il est intéressant de prévoir une partition fat32 pour pouvoir transférer des fichiers.

Voila, j'espère que ca répond au moins en parti à ta question mais je suis sur qu'on peut trouver pleins d'infos sur internet à ce sujet.