En fait le problème devrait etre posé de façon inverse:
oui il est possible de convertir des partitions de ntfs vers fat sans aucun pb particulier avec partition magic.

Mais quand on tient à ses données, on ne les met pas sur 1 seul disque dur. La probalité de les perdre est réèlle, avec ou sans PM.

Donc :
1. Sauvegarder ce à quoi on tient
2. S'autoriser à faire toutes bidouilles que l'on veut sur son sytème
c'est comme ca qu'on apprend "comment ca marche"...