si tu mets l'option -r ca sera récursif donc tous les répertoires seront copier aussi
exemple
-essai
|---script
| |---essai.pl
|---script.pdf

scp -r essai/ toto@traitement:temp/
te copira tout le repertoire essai avec ce qu'il contient ...

Je ne sais pas si je suis très clair ...

++