Regarde bien.
Tu as un formulaire avec dedans plusieurs checkbox qui ont le même nom.
Quand les données de ton formulaire sont postées tu récupères les données du ckeckbox à partir de $_POST['checkbox']

Il ne peut y avoir qu'une seule valeur dans cette variable.
Si tu veux vérifier tous les checkbox dans un formulaire, il faut leur donner un nom différent comme par exemple checkbox1, checkbox2 que tu récupèreras avec $_POST['checkbox1'], $_POST['checkbox2'] etc....

Ou alors il faut que tu organises tes formulaires autrement.
Sinon, il ya quelques trucs qui me paraissent pas trop logiques dans ton organisation.
Tu ecris: Actuellement vous vous êtes absentéz pendant n jours(s)
Oui mais à qui t'adresse tu parmi la liste des etudiants mentionnés dans le formulaire?
D'autant que tu n'affiches pas le nombre d'absences d'un etudiant particulier mais le nombre de lignes rapportées par ta requête, soit le nombre d'étudiants qui sortent de ta requête, et non pas le nombre d'absence d'un elève particulier.

Et attention, à la fin, tu as un risque de boucle infinie:
while(isset($_POST['checkbox'])){
$req = "INSERT INTO `absence`VALUES '','$v0','$v1','$v2','$v3','$v4','$v5')";
$res = mysql_query($req) or die ("Transfert non efféctuer");
}
D'ailleurs je pense que le problème vient de là:
Tu as cru qu'en faisant cette boucle, tu ferais défiler la valeur de toutes les checkbox qui ont été cochées et générer une requête pour chaque valeur de checkbox.... Mais ça ne fonctionne pas comme ça. Puisque toutes tes checkbox ont le même nom, c'est la dernière checkbox cochée qui écrasera sa valeur par dessus celle des autres.
C'est pour ça qu'il faut donner un nom différent à tes checkbox.

Encore autre chose: je ne comprends pas pourquoi dans le formulaire, tu demandes le numero de la carte scolaire, alors que la valeur des cartes scolaires est déjà dans les checkbox.
Et pourquoi demander le numero d'une seule carte scolaire alors que tu voudrais faire un formulaire pour noter l'absence de un ou plusieurs étudiants donc retenir le numero d'une ou plusieurs cartes scolaire.

Voilà voilà, j'espère que je n'ai rien interprété de travers dans ton script. Je l'ai installé chez moi pour voir ce que ça donne.

Si tu as d'autres questions, n'hésite pas :-)