Non, tu as bien saisi la chose - pour réparer le système de fichiers (filesistem), tu agiras toujours sur une partition complète. Tu peux aussi, tout simplement utiliser fdisk pour, en premier lieu éffacer ta partition, puis recréer une nouvelle (de préfèrence 2 peut-être, cela t'évitera dans le futur de tout perdre tes données), puis recréer le filesystem.
Toutefois, avec le formatage "zero fill" (erronnément appelé "low-level-format" dans le monde Windows), ta partition est entièrement remplie par des 0 (zéro) - cela permet de t'assurer qu'il n'est pas entrain de se décomposer. En écrivant une valeur dans chaque bit, tu auras l'assurance que ton disque ne contient pas d'erreur physique qui aurait causé le problème. Ce procédé est utilisé par les constructeurs de disques durs. Tout dique que tu achètes est passé par un "contrôle de qualité" de cette façon.