Voilà pourquoi il faut bien regarder tout le fichier de config :)

A un moment donné, tu as une ligne: Include conf.d/*.conf
Donc, faut voir ce qu'il y a dedans:
# ls -l conf.d/*.conf
-rw-r--r-- 1 root root 814 Sep 3 2002 conf.d/perl.conf
-rw-r--r-- 1 root root 454 Feb 16 17:44 conf.d/php.conf
-rw-r--r-- 1 root root 988 Sep 2 2002 conf.d/python.confEnsuite tu visualises le fichier qui te plait: # cat conf.d/php.conf
#
# PHP is an HTML-embedded scripting language which attempts to make it
# easy for developers to write dynamically generated webpages.
#

LoadModule php4_module modules/libphp4.so

#
# Cause the PHP interpreter handle files with a .php extension.
#
<Files *.php>
SetOutputFilter PHP
SetInputFilter PHP
LimitRequestBody 0
</Files>

#
# Add index.php to the list of files that will be served as directory
# indexes.
#
DirectoryIndex index.php
Et là, tu vois que tout est normalement chargé.

Ton soucis avec php, il est où exactement ?
Les pages sont interprétées ? ou bien le texte qui s'affiche est du style: <?php
echo "machin";
...
?>