Ben il suffit d'ouvrir un fichier en lecture, récupérer les données interessantes, faire tes calculs, puis écrire le fichier de sortie en conséquence...

#!/usr/bin/perl -w

($f,$out) = @ARGV;
if (@ARGV!=2){
print "Usage : $0 fichier_in fichier_out \n";
die "$!\n";
}

open FICHIER, "$f";
open OUT, "> $out";

#Lire le fichire d'entrée

#Ecrire le fichier de sortie

close FICHIER;
close OUT;

Non ? Ou j'ai mal compris ?

Bonne chance en tout cas