Tu l'écris dans l'ordre ;)

#....
#$out nom du fichier de sortie
open OUT, "> $out";
#...
print OUT "J'ecris le contenu de la table de hachage hash que j'ai deja rempli auparavant dans mon joli programme perl\n";

foreach $i (sort keys %hash){
if (defined($hash{$i})){
print OUT "$hash{$i}\n";
}
}

#...
close OUT;