Salut,
Voici un un script tres elementaire qui arrive a faire ce que tu veux, mais essaie de trouver un moyen pour qu'il ne fait pas des sauts des lignes et qu'il garde la ponctuation. Ces dernieres je l'ai enleve pour qu'il arrive a lire tes alphabets avant une ponctuation, exp. de ton texte:

Bonjour A va bien il discute avec B.
Il faut bien qu'il distingue A et le point, sinon il va le considerer comme un seul mot, i.e A. Il faut jouer donc avec les expressions regulieres.

Voici le script mais tu dois ameliorer la sortie.

#!/usr/bin/perl -w

open(FICA, "A.txt") || die "impossible d'ouvrir sortie: $!\n";
open(FICB, "B.txt") || die "impossible d'ouvrir sortie: $!\n";

@ligne=(); #contient ta phrase
@mots=();# contient les noms et alphabets

@ligne=(split(/[. , ]/,<FICA>));
@mots=<FICB>;
for ($i=0; $i<@ligne; $i++){
if ($ligne[$i] eq 'A'){
$ligne[$i]=$mots[0];
}
if($ligne[$i] eq 'B'){
$ligne[$i]=$mots[1];
}
if($ligne[$i] eq 'C'){
$ligne[$i]=$mots[2];
}
if($ligne[$i] eq 'D'){
$ligne[$i]=$mots[3];
}
}

print "@ligne";

close(FICA);
close(FICB);