Salut,
En tant que root

./configure
make all

Par contre ça sert à rien de le mettre dans /usr/local, par défaut le produit
va s'installer dans /usr en fin de compil. Lis le fichier README_Unix dans
le dossier scilab-3.1.1.

Pour ta seconde question, il faut que le produit soit bien conçu.
Habituellement tu fais un './configure' et un 'make' avec un compte
développeur. Ensuite en root tu fais un 'make install'. Attention toutes les
options de type dossier d'installation des binaires, des bibliothèques, ... sont
à préciser lors du './configure'.

Dans tous les cas il faut lire les fichier README et/ou INSTALL fournis
avec l'archive.

A+, crabs