Hello,
En fait, il te faut savoir ce qui sort et entre dans ton réseau. Pour cela, l'usage d'un firewall est idéal. Tu peux ainsi ouvrir les protocoles "autorisés" (dont Emule, kazaa et les p2p en général ne font pas parti).
Pour savoir ce qu'il faut bloquer ou pas, c'est une affaire de politique d'entreprise. Si tu es seul décideur, je te conseille de ne laisser que les protocoles les plus courants qui peuvent servir au travail des salariés, et de bloquer tout ce qui pourrait transformer le poste de travail en un veritable media center.

Il ne faut pas eviter de bloquer certain protocole. Non, tu ne vas pas te faire que des amis. Mais bon, faut savoir ce qu'on veut: un réseau en bonne santé, ou des copains. :)