ça dépend de ce que tu veux faire avec!

Utilise JDBC si tu veux interoger simplement une base de données.

les EJB sont des composants transactionnels Java sous formes d'objets.
Si tu veux faire une appli serveur très compliqués, du genre, gestion d'anciens (exemple copainsdavant), là, tu utiliseras les EJB. ça te permettra de gérer des objets de BD compliqués très simplement. Par exemple, une personne avec une adresse, pour la modification de son adresse, tu appelleras une fonction "modifierAdresse" alors qu'avec JDBC, tu devras écrire ta requête SQL.
Les EJB offrent la persistance, le traitement métier, la gestion des transactions et les fonctionnalités de traitement distribuées aux applications d'entreprise.

Donc, tout dépend de la complexité de ton appli.
L'utilisation d'EJB demande une période de spécifications plus importante que l'utilisation de JDBC.