C'est parceque tes groupes sont vides.
Chaque conteneur (groupe, frame, page...) s'adapte automatiquement à la taille de ce qu'on lui demande de contenir.

Il suffit donc de les remplir.
Exemple:
import Tkinter
import Pmw

class myApplication:
def __init__(self,root):
self.root = root
self._widgets = {}
self.initialisation()

def initialisation(self):
notebook = Pmw.NoteBook(self.root)
self._widgets['main_notebook'] = notebook
notebook.grid(column=0,row=0,sticky='NSWE')
for name in ("Data", "Trace", "Exit") :
page = notebook.add(name)

group_input = Pmw.Group(notebook.page(0), tag_text='Input')
group_input.grid(column = 0, row = 0,sticky ='NSEW')

group_iccap = Pmw.Group(notebook.page(0), tag_text='Iccap Param')
group_iccap.grid(column = 1, row = 0,sticky ='NSEW')

Tkinter.Button(group_input.interior(),text="coucou1*************").grid(column=0,row=0)
Tkinter.Button(group_iccap.interior(),text="coucou2**************").grid(column=0,row=0)

def main():
root = Tkinter.Tk()
root.title('My application')
app = myApplication(root)
root.mainloop()

if __name__ == "__main__":
main()



Par contre, je ne comprend pas pourquoi tu fais un rowspan (je l'ai supprimé dans le code ci-dessus).