Alors ton probleme vient certainement du fait qu'on peut installer plusieurs machine virtuelle sous linux. Il faut donc faire comprendre au systeme quelle machine virtuelle activer.
Par défaut, c'est la machine virtuelle libre qui est activé. Or celle-ci presente encore quelques incompatibilités avec la machine virtuelle de sun.

Pour désigner la machine virtuelle à utiliser, on a deux methodes:

-passer par le fichier .bashrc situé dans son $HOME(il est caché)
Là on définit les variables d'environnement $JAVA_HOME: export JAVA_HOME=/chemin/ou/est/le/repertoire/de/la/machine/virtuelle
qu'on intègre dans le $PATH : export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
Il faut alors redemarrer sa session pour que ces variables soient prises en compte.

-on passe par alternatives:
C'est une methode qui permet de définiur bon nombre deparamtres pour linux comme le navigateur par defaut par exemple ou bien la machine virtuelle par défaut. C'est une méthode qui est issu de Debian et qui va devenir (ou est déjà) un standard dans ce type de parametrage.
Perso, je te conseille de passer par cette methode qui est plus propre.
Je te renvoie à cet excellent tuto qui meme s'il est pour fedora s'applique pour Debian ou toute autre distrib:
http://www.fedora-france.org/modules/wiwimod/index.php?page=Java+Sun+:+installation+(plugin,+JRE,+JDK)+pour+Fedora+4&back=Installation+et+Syst%E8me -> "4- JRE JAVA SUN"
A noter que sous ubuntu, on peut gerer de maniere graphique alternatives via "galternatives". Donc tu peux vereifier si galternatives est dispo dans les depots de Debian.