Salut Jonigood !
J'ai le même cas que toi (HDD USB 300Go externe) que je voulais voir sous win98 et XP.
Je l'ai installé avec XP (2 partitions) et j'ai archivé ce que je devais.
J'ai ensuite utilisé Partition Magic pour convertir mes 2 partitions NTFS en FAT32.
La manip sous PM se fait en 2 temps. On "crée" la modif puis on l'applique (redémarrage du PC). Je suppose que ton logiciel (que je ne connais pas) fonctionne comme PM. Il te suffit juste de trouver dans le menu la commande "appliquer les modifications".
Bon courage, l'opération peut être longue, suivant ce que tu as sur ton disque dur.