1° Je peux utiliser le JS100 en http ou ftp, Quel le meilleur choix selon vous pour un simple serveur d'echange de fichier.

Le protocole FTP a été conçu pour les échanges de fichiers sur Internet: perso, j'opterai pour celui-là.
Les navigateurs web ne te permettent pas de télécharger "proprement" (pas de reprise de téléchargement, problèmes lors de téléchargements multiples,...) plusieurs fichiers à la fois en HTTP (sauf ajout d'un download manager).

2° Je pense que mon probleme viens des "regles NAT".
Le probleme c'est que je ne sait pas exactement comment configurer cela.

Je te renvois à la notice de ton routeur. Tu es dans la bonne rubrique ("Application and gaming"), il faut à présent rajouter une règle NAT qui route le traffic entrant sur les ports 20 et 21 vers l'IP du JS100.

Comment connaitre l'adresse IP du JS100 ( Disque dur ethernet)

Je ne connais pas l'interface d'admin du JS100, mais je suis sûr que tu peux y trouver l'adresse IP du disque dur. Dans le cas contraire, regarde dans la table DHCP de ton réseau local via l'interface d'admin de ton routeur (Rubrique "Local Network" je crois).