Il faut alors que tu spécifies l'utilisateur pour lequel une clef a été générée de cette façon:

$sCmde = "ssh ".USER."@".HOST." ".$sCmdeDist;
par ex: $sCmde = "ssh marie@domain.com rm /tmp/*";
=> tu vas te connecter sur domain.com en tant qu'utilisateur marie, et si cet utilisateur a les droits sur le répertoire /tmp de domain.com, alors les fichiers qu'il contient seront supprimés.

Mais tu peux dans un premier temps tester ta commande distante en ligne de commande, avant de l'exécuter via un script PHP, avec un PuTTy par exemple.