stdin, stdout, stderr désigne les entrées et sorties standard en C et en shell (cf répertoire /dev). Ce sont des fichiers au sens large très souvent utilisés par les programmes.

stdin = entrée standard (std::cin en C++) : ce que tu tapes dans la console dans laquelle est lancé le programme.
stdout = sortie standard (std::cout en C++) : écrire sur la console
stderr = sortie standard d'erreur (std::cerr en C++) : écrire une erreur sur la console.

Les entrées et sorties peuvent être redirigées sous linux (par exemple tu peux décider de rediriger tout ce qui s'écrit sur stderr vers /dev/null pour ne pas l'afficher).
http://www.via.ecp.fr/formations/1999-00/shell/shell-3.html

Bonne chance