Pourquoi ne pas séparer cela en 2 étapes ?

Dans une première boucle effectuer toutes les vérifications nécessaires, puis dans une 2eme boucle effectuer les insertions.

De cette façon on évite que les mises à jour des index dues aux insertions se fassent à chaque tour de boucle...

Je ne suis pas expert en BDD mais j'essayerais ça.

Bonne chance.