Utilise un script bash sous linux par exemple pour convertir toutes tes vidéos, t'as juste à mettre dans un fichier texte :

#! /bin/sh
for video in *.wmv
do
echo "Traitement de la vidéo $video";
# on enlève l'extension
purge=${video%.*}
# on convertit...
ffmpeg -i $video -sameq -s 640x480 -vcodec divx $purge.avi
done
echo "C'est fini !"


Tu rend le fichier executable (clic droit sur le fichier, propriétés), tu le lances et hop, il te fait tout ça comme un grand...