tu as zone alarm ?
tu as deja des dossiers sur ton serveur?


En PHP il y a les fonctions opendir, readdir, closedir...
http://fr.php.net/manual/fr/function.readdir.php

FlashFXP connais pas :)

Autre solution création d'un dossier et sous dossier!
exemple

Repertoire > Dossier > Dossier 1 | Dossier 2 | Dossier 3

Ps: tu dois avoir un htaccess je vois pas comment sinon...