Et d'après ce que je vois c plus que le \r, c'est le retour à la ligne que tu veux enlever. En fait, c le \n

Tu as parfois les deux \r\n

Tu dois utiliser la commande tr pour faire ça :
$tr -d '\r\n' < tonfichier > tmp

dans tmp tu as "tonfichier" sans les sauts de ligne, donc si tu veux remplacer le fichier original, tu dois faire
mv tmp tonfichier

@++
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