Le problème est que dans le script qd tu teste un dir. "if ( -d "$tab[$indice]")" tu reste ds le dir. courant donc qd tu testes le fichier suivant "if ( -f "$tab[$indice]") then" retourne faux car ce fichier est ds un sous-dir. OK?
Une solution est de ce déplacer ds les sous-dir. mais tab doit alors contenir les ".." pour pouvoir remonter.