ok, c bon ca marche !!

en fait j'ai alloué seq :
seq = malloc(10 000 000 );

j'ai mis un chiffre volontairement énorme, car la chaine que je veux lire peut contenir jusqu'a 10 000 000 caracteres.

serait-ce judicieux de réallouer la variable une fois que sa longueur est connue ?

du genre :

len = lenstr(seq);
new_seq = malloc(len);
free(seq);