Bon d'abord il faut que je t'avoue que je suis pas très boen en info, c'est aussi peut etre pour ca que j'ai du mal a trouver ton problème!
Pour la configuration de SQL avec Tomcat c'est un pote qui m'a aidé, mais si ca te rassure il a reussi a faire marcher Tomcat avec Mysql! (Remarque: j'utilise aussi easyphp et phpmyadmin pour mes BDD : Donc c'est faisable!!)
Il m'a effectivement mofifié qqch dans web.xml mais il me semblait que c'etait pour configurer la compilation!
Le code de web.xml modifié est :
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>

<!DOCTYPE web-app
PUBLIC "-//Sun Microsystems, Inc.//DTD Web Application 2.3//EN"
"http://java.sun.com/dtd/web-app_2_3.dtd">

<web-app>
<display-name>Welcome to Tomcat</display-name>
<description>
Welcome to Tomcat
</description>


<!-- JSPC servlet mappings start -->


<!--
<servlet>
<servlet-name>org.apache.jsp.index_jsp</servlet-name>
<servlet-class>org.apache.jsp.index_jsp</servlet-class>
</servlet>

<servlet-mapping>
<servlet-name>org.apache.jsp.index_jsp</servlet-name>
<url-pattern>/index.jsp</url-pattern>
</servlet-mapping>
-->

<!-- JSPC servlet mappings end -->

</web-app>
Si tu veux pour faire plus simple tu me passe ton e-mail et je t'envoie le dossier Web-INF, Class et Lib en compressé je ne croit pas que se soit super gros!
Bonne chance!