Tu peux modéliser une base de données avec "Rational Rose Entreprise Edition" et "Rational Suite AnalystSudio" pour Windows. C'est un outils d'analyse orienté plutôt oracle. Il propose aussi :

• un modèle objet (diagramme de classe) équivalent à un MCD (MERISE)
• un modèle de données relationnel équivalent à un MLD (MERISE)
• un modèle de stockage de données (scripts SQL) équivalent à un MPD (MERISE)

Pour la version libre,je crois que l'on peut faire la même chose avec umbrello sous linux.