mmm... bon par exemple sur mon site, j'ai mis un menu tout simple en haut de chacune de mes page avec un bête include Javascript:

http://sebsauvage.net/logiciels/
contient le code html:
<script language="JavaScript" type="text/javascript" src="http://sebsauvage.net/menu.js">
menu.js contient un bête document.write(), mais on peut faire des menus beaucoup plus évolués avec les CSS (par exemple, un menu qui reste à une position fixe à l'écran, ou bien qui se positionne automatiquement par rapport au contenu de la page.)


Quelques exemples de mise en page évolués utilisant les CSS:
http://www.csszengarden.com

Tu notera que le code HTML reste identique quel que soit le thème que tu choisis.
ça montre la puissance des CSS.
Le menu est juste contenu dans une balise <DIV> et la feuille de style permet de le placer comme on veut.

Pour en savoir plus sur le positionnement, voir les articles sur:
http://openweb.eu.org/mise_en_page/

En combinant Javascript et CSS, on peut faire des menus très pratiques (par exemple, qui apparaissent quand le curseur passe dessus et qui se retirent quand le curseur s'en va.)