Pour les étapes dans virtualDubMod (de mémoire car je ne l'ai pas sous les yeux) :

menu file /open pour ouvir ta vidéo.
Il doit la charger

pour changer le format video
menu ??? (je ne sais plus)/compression
tu obtiens une boite de dialogue avec tous les codec présents sur ta machine. choisi celui qui correspond au MPEG2

pour changer le format audio :
menu stream/stream list (ou qqch dans le genre)
une boite de dialogue s'ouvre et tu peux sélectionner ton audio. Clique dessus avec le bouton droit de la souris et choisi full mode ou full processing (full qqch quoi!).
Clique de nouveau avec le bouton droit sur l'audio et le nouveau menu popup affiche maintenant compression.
choisi ton codec audio comme pour ton codec video
valide les paramètres (ok)
Dans la fenêtre principale de virtualdubmod tu choisis ensuite
menu file / save as...

En gros c'est tout !
Il devrait mettre 4 heures au moins pour faire la conversion.